Το πρωτόκολλο καταστροφής αγαθών θεωρείται αποδεικτικό στοιχείο – αρχείο.
Με απόφαση του ΣτΕ 2936/1988 έχει αποσαφηνιστεί ότι το πρωτόκολλο καταστροφής αποτελεί το νόμιμο δικαιολογητικό αφού από τις διατάξεις δεν οριζόταν κάτι πιο συγκεκριμένο.
Επίσης, τόσο από τον ΚΒΣ – ΚΦΑΣ ή τα ΕΛΠ, δεν προβλέπεται ειδικό δικαιολογητικό για την απόδειξη της καταστροφής αγαθών.
Ειδικά όμως με την παρ. 5 του άρθρου 5 των ΕΛΠ, ορίζεται ότι κάθε συναλλαγή και γεγονός που αφορά την οντότητα τεκμηριώνεται με κατάλληλα παραστατικά (τεκμήρια). Τα παραστατικά αυτά εκδίδονται είτε από την οντότητα είτε από τους συναλλασσόμενους με αυτήν είτε από τρίτους, σε έντυπη ή σε ηλεκτρονική μορφή. Τα παραστατικά αναφέρουν όλες τις απαραίτητες πληροφορίες για την ασφαλή ταυτοποίηση κάθε μίας συναλλαγής ή γεγονότος.
Άρα, όταν πραγματοποιείται προγραμματισμένη καταστροφή αγαθών, που έχουν αλλοιωθεί ή έχει λήξει η ημερομηνία διάρκειάς τους ή έχουν απαξιωθεί ή είναι ελαττωματικά χωρίς καμιά εμπορική αξία κ.λπ., η επιχείρηση μπορεί να συντάξει πρωτόκολλο καταστροφής αγαθών αναφέροντας αναλυτικά τα καταστρεφόμενα αγαθά, τις ποσότητες αυτών και το λόγο της καταστροφής τους. Το πρωτόκολλο καταστροφής είναι το κατάλληλο παραστατικό μέσω του οποίου θα πρέπει να τεκμηριώνεται και αποδεικνύεται η καταστροφή των αγαθών. Επισημαίνεται ότι λόγω ενδεχόμενου ελέγχου, η καταγραφή πρέπει να είναι λεπτομερής ώστε να μην μπορεί να αμφισβητηθεί το γεγονός, το ύψος και η ποσότητα των κατεστραμμένων αγαθών, καθώς νομολογιακά έχει κριθεί ότι το πρωτόκολλο καταστροφής δεν αποτελεί από μόνο του αμάχητο τεκμήριο ως προς την ακρίβεια του περιεχομένου του. Για το λόγο αυτό σκόπιμο είναι να φυλάσσονται και άλλα πρόσφορα σχετικά δικαιολογητικά, όπως, για παράδειγμα, δελτία αποστολής για τη μεταφορά των αγαθών στον τόπο καταστροφής, πιθανά έγγραφα τρίτων που παρέλαβαν τα προς καταστροφή αγαθά, όπως χώροι παραλαβής ή ανακύκλωσης ή τιμολόγια αγοράς εταιρειών ανακύκλωσης κ.λπ. Εξάλλου όλα τα στοιχεία και δικαιολογητικά κρίνονται ως προς την πραγματικότητα αυτών και ειδικά στην περίπτωση αυτή είναι δόκιμο, όταν αναφερόμαστε σε μεγάλες ποσότητες, να υπάρχουν ισχυρότερες αποδείξεις διασφάλισης της όλης αλυσίδας καταστροφής των καταστρεφόμενων αγαθών.
Επισημαίνεται, ωστόσο, ότι σε περίπτωση αμφισβήτησης των πρωτοκόλλων καταστροφής αγαθών, το βάρος της απόδειξης φέρει η φορολογική αρχή η οποία και πρέπει να αποδείξει με συγκεκριμένα στοιχεία ότι η εν λόγω καταστροφή δεν πραγματοποιήθηκε δεδομένου ότι αμφισβητεί την ακρίβεια των συνταχθέντων πρωτοκόλλων καταστροφής (σχετ. Δ.Ε.Δ. 2326/2017)
Εδώ να τονίσουμε ότι εάν πρόκειται για σοβαρές ποσότητες αγαθών προς καταστροφή, καλό είναι οι επιχειρήσεις να συγκροτούν μία επιτροπή καταστροφής των αγαθών, που έχουν αλλοιωθεί ή έχει λήξει η διάρκειά ζωής τους κ.λπ. Το πρωτόκολλο καταστροφής υπογράφεται από τα μέλη της επιτροπής ώστε να βεβαιώνεται το γεγονός.
Συνηθιζόταν να αναγγέλλεται στη ΔΟΥ το γεγονός και να καλείται να παρασταθεί και αρμόδιος υπάλληλος. Σχετικώς σημειώνεται ότι με βάση την υπ’ αριθμό 1091898/608/0015/11.10.2007 απάντηση του Υπουργείου Οικονομικών, δεν υφίσταται υποχρέωση από την επιχείρηση να γνωστοποιήσει στην αρμόδια Δ.Ο.Υ. την καταστροφή των αποθεμάτων τον τόπο και την ώρα που θα ολοκληρωθεί η διαδικασία όπως προέβλεπαν παλιότερες διατάξεις.
Εδώ να σημειώσουμε ότι υφίστανται αποφάσεις της Δ.Ε.Δ. (ενδεικτικά, η Δ.Ε.Δ. 4779/2015) όπου γίνεται δεκτό ότι η καταστροφή των αγαθών είναι πραγματικό γεγονός ακριβώς λόγω της παρουσίας του υπαλλήλου της Δ.Ο.Υ., λαμβάνοντας ιδιαιτέρως υπόψη ότι δεν υφίστατο σχετική υποχρέωση.
Σε κάθε περίπτωση, η ελεγκτική φορολογική αρχή έχει δικαίωμα (όχι υποχρέωση) να εκδώσει εντολή ελέγχου, ούτως ώστε να διαπιστωθεί σε σοβαρές περιπτώσεις «του λόγου του αληθές». Βέβαια στις περιπτώσεις αυτές οι επιχειρήσεις ακόμα και αν δεν παρασταθεί υπάλληλος της ΔOY, πράγμα πολύ πιθανό, φαίνεται ότι ενεργούν χωρίς το φόβο της επαλήθευσης, άρα έχουν κατ’ αρχήν ενισχυμένη ειλικρίνεια.